A Reitoria é o órgão executivo máximo da Universidade, à qual compete a superintendência, a fiscalização e o controle das atividades, para esse fim, estabelecer as medidas regulamentares cabíveis. É constituída das funções de Reitor, Vice-Reitor e Chefia de Gabinete. Constituem-se em órgãos de assessoramento da Reitoria a Procuradoria Jurídica, Comissão Permanente de Licitação e Auditoria.    

Reitora: Prof.ª Dra. Kátia Paulino dos Santos é Bacharela e Licenciada em Ciências Sociais pela Universidade Federal do Amapá  (UNIFAP), Mestra em Planejamento e Políticas Públicas pela Universidade Estadual do Ceará (UECE) e Doutora em Gestão pela Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro de Portugal, revalidado pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), pelo Programa de Pós-Graduação em Políticas Públicas, Estratégias e Desenvolvimento. Atualmente é professora efetiva da Universidade do Estado do Amapá (UEAP), vinculada ao Colegiado de Pedagogia, e reitora desde 02 de julho de 2018, com mandato de 04 anos. Na UEAP compõe a Comissão Própria de Avaliação (CPA) e coordena o Curso de Especialização em Gestão Pública. É pesquisadora do Grupo de Estudos e Pesquisa em Políticas Educacionais e Gestão (GEPPEG/UEAP). Tem experiência no planejamento e gestão de Políticas Públicas. 

Vice-Reitora: Prof.ª Dra. Marcela Nunes Videira é médica veterinária formada pela Universidade Federal Rural da Amazônia (UFRA) e Bióloga licenciada pela Universidade Federal do Pará (UFPA). Mestra e Doutora em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários (BAIP) pela UFPA. É professora adjunta na Universidade do Estado do Amapá (UEAP), lotada no Colegiado de Engenharia de Pesca, e vice-reitora desde 02 de julho de 2018. É professora permanente no Programa de Pós-Graduação em Ciências Ambientais da Universidade Federal do Amapá (UNIFAP). Desde 2012 coordena o Laboratório de Morfofisiologia e Sanidade Animal (LABMORSA). É líder do grupo de pesquisa em Sanidade de Organismos Aquáticos na Amazônia (SOAA). Tem experiência na área de Morfologia, com ênfase sanidade de organismos aquáticos, atuando principalmente nos seguintes temas: parasitismo de organismos aquáticos, microsporidioses, mixosporidioses e coccidioses.