A Reitoria é o órgão executivo máximo da Universidade, a qual compete a superintendência, a fiscalização e o controle das atividades, para esse fim, estabelecer as medidas regulamentares cabíveis. É constituída das funções de Reitor, Vice-Reitor e Chefia de Gabinete. Constituem-se em órgãos de assessoramento da Reitoria a Procuradoria Jurídica, a Comissão Permanente de Licitação e a Auditoria.    

Reitora - Prof.ª Dra. Kátia Paulino dos Santos

Bacharela e licenciada em Ciências Sociais pela Universidade Federal do Amapá (UNIFAP), Mestra em Planejamento e Políticas Públicas pela Universidade Estadual do Ceará (UECE) e Doutora em Gestão pela Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro de Portugal, revalidado pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), pelo Programa de Pós-Graduação em Políticas Públicas, Estratégias e Desenvolvimento. Atualmente é professora efetiva da Universidade do Estado do Amapá (UEAP), vinculada ao Colegiado de Pedagogia, e reitora desde 02 de julho de 2018, nomeada pelo Decreto Estadual n° 2444. Na UEAP, compõe a Comissão Própria de Avaliação (CPA) e coordena o Curso de Especialização em Gestão Pública. É pesquisadora do Grupo de Estudos e Pesquisa em Políticas Educacionais e Gestão (GEPPEG/UEAP). Tem experiência no planejamento e gestão de Políticas Públicas. 

Vice-Reitora - Prof.ª Dra. Marcela Nunes Videira 

Médica veterinária formada pela Universidade Federal Rural da Amazônia (UFRA) e bióloga licenciada pela Universidade Federal do Pará (UFPA). Mestra e Doutora em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários (BAIP) pela UFPA. É professora adjunta na Universidade do Estado do Amapá (UEAP), lotada no Colegiado de Engenharia de Pesca, e vice-reitora desde 02 de julho de 2018, conforme o Decreto Estadual n° 2445. É professora permanente no Programa de Pós-Graduação em Ciências Ambientais da Universidade Federal do Amapá (UNIFAP). Desde 2012 coordena o Laboratório de Morfofisiologia e Sanidade Animal (LABMORSA). É líder do grupo de pesquisa em Sanidade de Organismos Aquáticos na Amazônia (SOAA). Tem experiência na área de Morfologia, com ênfase em sanidade de organismos aquáticos, atuando principalmente nos seguintes temas: parasitismo de organismos aquáticos, microsporidioses, mixosporidioses e coccidioses.

Endereço da reitoria: Avenida 13 de Setembro, Buritizal, 1720 (entre as ruas Santos Dumont e Hildemar Maia).